Die Prävalenz der Fibromyalgie in der Allgemeinbevölkerung liegt zwischen 2 und 4 %. Patienten mit rheumatischen Erkrankungen, inklusive rheumatischer Arthritis, Lupus erythematosus, Arthrose, Sklerodermie und Psoriasis-Arthritis, sind mit beobachteten Prävalenzraten zwischen 20 und 30 % deutlich häufiger betroffen.
Ähnlich häufig wurde die Erkrankung bei Patienten mit chronischer Lumbago beobachtet. Auch bei neurologischen Problemen wurde eine erhöhte Fibromyalgierate beschrieben, nämlich bei multipler Sklerose (Prävalenz 7 bis 44 %), Postpoliomyelitis-Syndrom (10 %), neuropathischen Schmerzen (rund 33 %) und Morbus Parkinson (bis zu zwei Drittel der Patienten).
Eine positive Assoziation mit der Fibromyalgie besteht außerdem beim komplexem regionalem Schmerzsyndrom (CRPS). Gastrointestinale Erkrankungen, die häufig mit einer Fibromyalgie einhergehen, sind Zöliakie und Glutenunverträglichkeit (11 bis 31 %) sowie Reizdarmsyndrom (17 bis 32 %). Darüberhinaus überlappt Fibromyalgie oft mit anderen chronischen Schmerzzuständen (20 bis 65 %) wie Migräne oder Spannungskopfschmerz. In weiteren Studien erfüllten außerdem 62 % der Patienten mit einer Hashimoto-Thyreoiditis und 45 % der Patienten mit morbider Adipositas die Diagnosekriterien für Fibromyalgie. Überraschend ist vor allem die mit 23 % deutlich erhöhte Fibromyalgierate, die man in einer Studie in einer 57-köpfigen Kohorte herzinsuffizienter Patienten fand (63 % Männer, Altersdurchschnitt 70 Jahre).